У Вишем суду у Нишу постоји пет судских одељења:
| I | Грађанско одељење |
| II | Кривично одељење |
| III | Посебно одељење за сузбијање корупције |
| IV | Одељење судске праксе |
| V | Одељење за заштиту права за суђење у разумном року |
ГРАЂАНСКО ОДЕЉЕЊЕ
Грађанско одељење Вишег суда у Нишу организовано је кроз првостепени парнични поступак, првостепени ванпарнични поступак и другостепене грађанске поступке.
Председник Грађанског одељења је судија Снежана Милићевић.
Заменик председника Грађанског одељења је судија Јелена Павловић.
КРИВИЧНО ОДЕЉЕЊЕ
Кривично одељење Вишег суда у Нишу организовано је кроз претходни поступак, првостепени кривични поступак, другостепени кривични поступак, кривични поступак према малолетним учиниоцима кривичних дела и судију за извршење кривичних санкција.
Председник Кривичног одељења је судија Бојан Вујачић.
Заменик председника Кривичног одељења је судија Милица Грујић.
ПОСЕБНО ОДЕЉЕЊЕ ЗА СУЗБИЈАЊЕ КОРУПЦИЈЕ
Посебно одељење за сузбијање корупције Вишег суда у Нишу основано је 01.03.2018. године ступањем на снагу Закона о организацији и надлежности државних органа у сузбијању организованог криминала, тероризма и корупције. Организовано је кроз претходни поступак и првостепени кривични поступак.
Председник Посебног одељења за сузбијање корупције је судија Александра Мојашевић Крстић.
ОДЕЉЕЊЕ СУДСКЕ ПРАКСЕ
Председник Одељења судске праксе за Грађанско одељење је судија Јелена Павловић.
Председник Одељења судске праксе за Кривично одељење је судија Ивана Миловановић.
ОДЕЉЕЊЕ ЗА ЗАШТИТУ ПРАВА НА СУЂЕЊЕ У РАЗУМНОМ РОКУ
Одељење за заштиту права на суђење у разумном року основано је са циљем убрзавања поступака и заштите права на правично суђење из члана 32. Устава Републике Србије и члана 6. Европске конвенције за заштиту људских права и основних слобода. Одељење је организовано кроз рад на предметима у кривичној и грађанској материји.
Судија Ивана Р. Никетић одређује се за судију у кривичној материји у поступцима заштите права на суђење у разумном року.
